Japonya'nın bitki örtüsü, ülkenin geniş enlem farkları, zorlu yer şekilleri ve çevresini saran okyanus rüzgarları ve akıntılar gibi faktörler nedeniyle büyük çeşitlilik göstermektedir. Japonya'nın en güneyde yer alan Honshu Adası'ndan en büyük ada parçası olan Hokkaido'nun ortalarına kadar, gür ormanlar gözlemlenmektedir. Bu bölgelerdeki yoğun ve nispeten sık orman örtüsünün temel nedeni, konvansiyonel ve kıyı yağışlarının oldukça fazla olmasıdır. Bu bölgeler yıl boyunca 3000 milimetrenin üzerinde yağış almaktadır. Genel olarak Asya düşünüldüğünde, Japonya en çok yağış alan ülkeler arasında Güneydoğu Asya ülkelerinden hemen sonra gelmektedir. Bol yağış ve ılıman iklim kuşağı, sık ve gür orman örtüsünün oluşmasına katkı sağlamaktadır.

Japonya'nın bitki örtüsü içinde ekonomik amaçla yetiştirilen meyve veya sebze oranı oldukça azdır. Bunun temel nedeni, iklimden ziyade yer şekillerinin çok dik ve tarıma uygun olmamasıdır. Buna rağmen, tarıma uygun dar alanlarda ve aktif volkanların bulunduğu kesimlerde, sebze tarımı az miktarda yapılabilmektedir. Bu bölgeler, volkanik toprakların verimliliği nedeniyle tarım için elverişlidir.

Hokkaido Adası'nın orta bölgelerinden Kuzey Japonya'ya kadar olan kısmı, sık ormanlardan adım adım seyrekleşen kızılçam, sedir ve kısa boylu çalılara dönüşmektedir. Japonya'nın en yaygın ağacı ise meşe ağacıdır. Bu ağaç türünü neredeyse tüm Japonya kıyılarında görmek mümkündür. Tokyo ve Osaka gibi büyük şehirlerde ise, ilkbaharda kiraz çiçeği açan ağaçlar fazlaca bulunmaktadır.

Japonya, bir ada ülkesi olduğu için ülkenin her yerinde aynı bitki örtüsünün olması beklenebilir. Ancak, Doğu Japonya okyanus etkisine ve soğuk su akıntılarına çok açıktır. Batı Japonya ise ılıman Çin Denizi sayesinde daha yumuşak bir iklime sahiptir. Bu faktörler dikkate alındığında, Japonya'nın batı kıyılarının bitki örtüsü bakımından daha zengin olduğunu söylemek mümkündür.

Japonya'da bitki örtüsü, adaların coğrafi ve iklimsel farklılıkları nedeniyle büyük çeşitlilik göstermektedir. Özellikle yüksek dağlık bölgelerde, alpin bitki örtüsü görülürken, kıyı bölgelerinde daha tropikal bitkilere rastlanmaktadır. Japonya'nın zengin bitki örtüsü, biyolojik çeşitliliğin korunması açısından da büyük önem taşımaktadır.

Japonya'nın bitki örtüsü, ülkenin coğrafi ve iklimsel çeşitliliği ile şekillenmiş olup, bu durum ülkenin ekonomik ve çevresel yapısını da etkilemektedir. Gür ormanlar, verimli tarım alanları ve çeşitli bitki türleri, Japonya'nın doğal güzelliklerini ve biyolojik çeşitliliğini zenginleştirmektedir.